Per quanto riguarda i fiumi, quelli che sorgono in Puglia hanno carattere torrentizio e sono il Candelaro, il Cervaro e il Carapelle. Esistono anche fiume con bacini di portata maggiore, che però bagnano la Puglia come altre regioni, e sono il Fortore e l'Ofanto, quest'ultimo in piccola parte è anche navigabile. Data la caratteristica carsica del territorio pugliese, le infiltrazioni d'acqua piovana hanno dato origine a molte grotte come il Pulo di Altamura e le grotte di Castellana.
Parlando invece di bacini idrici, i laghi di dimensioni maggiori sono quello di Varano e di Lesina, quest'ultimo salato, situati sul Gargano nella parte nord-est della regione. Nel Salento invece di cono i laghi di Alimini, situati in provincia di Otranto. Quindi la Puglia è una regione con una scarsa capacità di accumulo idrico, ragion per cui sono parecchi i bacini artificiali costruiti per fornire acqua agli acquedotti delle grandi città sbarrando i torrenti con le dighe. Data la loro vasta capacità, vengono denominati laghi anch'essi, e prendono nome solitamente dalla città situata nelle immediate vicinanze.
